Иранский шах Хосров с целью пленения Ширин и покорения ее страны, ее народа начинает войну, сея на своем пути смерть и разруху. Фархад вступает в неравный бой с полчищами насильников. Иного выхода у него нет, ибо: «Иль он Хосрова, иль Хосров — его?» И,
Убедившись в невозможности победить Фархада в открытом бою, Хосров с помощью предательства и коварства берет его в плен. Между ними происходит знаменитый диалог, допрос-ответ, который является кульминацией в столкновении и борьбе двух взаимоисключающих начал — добра и зла, героизма и вероломства.
Ни Фархад, ни Ширин не сдаются. Хосров вновь прибегает к обману — посылает к находящемуся в заточении герою колдунью с ложным сообщением о своем браке с Ширин. От этого горя Фархад умирает.
Но этим трагедия не кончается. Далее Навои описывает страшную сцену отцеубийства: для того чтобы завладеть Ширин и троном, сын Хосрова убивает своего отца. Но судьба жестоко карает его. По просьбе Ширин труп Фархада привозят в ее замок, где она, будучи не в силах навсегда расстаться со своим возлюбленным, умирает.
Однако финал поэмы не пессимистичен. Напротив, смерть Фархада и Ширин по существу означает победу над злом, с которым они не хотели и не могли смириться. К тому же их трагедия и гибель вызывают активную ненависть против злых сил и горячую симпатию к тем, кто способен с ними бороться.
Бахрам, молочный брат Фархада, прибывает с войском в страну армян, изгоняет захватчиков, заставляет их возместить весь ущерб, причиненный войной, а одного мудрейшего человека из родни Михин-Бану торжественно возводит на престол.